Beim Hochladen wurde heute die Fehlermeldung "keine solche Datei" ("no such file") erneut angezeigt, und ich habe festgestellt, dass einige Ordner am Anfang plötzlich mit einem Großbuchstaben benannt werden

Das hat natürlich auf einem Unix-Server zur Folge, dass es dann, nach einem Upload, zwei Verzeichnisse gibt. Einmal wie gewohnt mit Kleinbuchstaben und ein zweites (identisches) Verzeichnis mit Großbuchstaben vorne:
bootstrap
und
Bootstrap
Das geht natürlich gar nicht.
Das Gleiche passiert auch nach lokaler Publizierung und würde bei einem Upload über ein FTP-Programm wie "FileZilla" ebenso zu doppelten Verzeichnissen führen.
Hier eine Ansicht von meinem FTP-Programm "WS_FTP Pro" - links lokale und rechts Server Dateien. Links seht Ihr selbst, dass das Verzeichnis "assets" nun auch lokal plötzlich mit Großbuchstaben generiert wurde.
Innerhalb des Verzeichnisses "Assets" dann eben auch etliche Verzeichnisse, wie z.B. "Bootstrap", "Datepicker", "Mobirise", plötzlich mit Großbuchstaben vorne generiert wurde. Das ist ein fataler Bug, durch den alle diese Verzeichnisse doppelt auf den Server geraten und es zu schwerwiegenden Pfad-Fehlern kommen kann.